Nasze archiwum pełni funkcję zarówno archiwum administracyjnego (przechowywanie nieobowiązujących już dokumentów urzędowych), jak i archiwum muzealnego.
W archiwum muzealnym przechowywane są zgodnie z naszą misją dokumenty tekstowe, zdjęciowe, dźwiękowe i wideo związane z wystawami i badaniami. Odgrywa ono rolę wiodącego archiwum specjalistycznego zlokalizowanego w miejscu historycznym, gromadzącego informacje historyczne o osobach, miejscu i pamięci Zakładów Doświadczalnych Peenemünde.
Oprócz trwałego zabezpieczenia zawartości archiwum, zachowania i rozszerzania zbiorów do najważniejszych zadań muzeum należy pozyskiwanie i udostępnianie zawartości archiwum w cyfrowej bazie danych. Archiwum gromadzi zasoby potrzebne do codziennych czynności muzealnych. Korzystają z niego twórcy wystaw, stanowi źródło publikacji i inspiruje do badań naukowców niezwiązanych z muzeum.
Archiwum muzealne zawiera ok. 160 metrów bieżących dokumentów urzędowych, spuściznę i zbiory archiwalne, a także materiały audiowizualne. Obejmują one historię muzeum, działalność NRD-owskiej Narodowej Armii Ludowej (Nationale Volksarmee, NVA) w Peenemünde oraz fazę założycielską Zakładów Doświadczalnych Peenemünde w połowie lat 30. XX wieku.
- Segregatory A4 ok. 800
- Kartony archiwalne ok. 920
- Registratura bieżąca 2 720 sygnatur
- Zdjęcia ok. 45 000 (pozytywy, negatywy, klisze) + ok. 15 000 zdjęć cyfrowych
- Mikrofilmy (35 mm) 128 rolek
- Plany konstrukcyjne (fabryka) ok. 150 – 200
- Materiały audiowizualne ok. 450
Zasoby archiwum muzealnego zostały częściowo wykazane i pozyskane dzięki różnego typu rejestrom (repertoria, katalogi, wykazy przekazanych dokumentów). Dane inwentarzowe i administracyjne zapisywane są w formie elektronicznej, dzięki czemu można je przeszukiwać przy użyciu różnych metod. Obecnie nie jest jeszcze dostępna opcja przeszukiwania online.
Materiały archiwalne Peenemünde do roku 1945 przetrzebione zostały na skutek działań wojennych. Ucierpiały zwłaszcza dokumenty personalne Wojskowego Instytutu Badawczego Peenemünde (HVP). Dokumentami personalnymi Wehrmachtu zajmuje się Archiwum Wojskowe należące do Archiwum Federalnego (BA-MA) we Freiburgu, a także Deutsche Dienststelle (WASt) für die Benachrichtigung der Angehörigen von Gefallenen der ehemaligen deutschen Wehrmacht (Niemiecka Agencja (WASt) ds. Informowania Krewnych Ofiar Dawnego Wehrmachtu), Krankenbuchlager (Składnica Ksiąg Szpitalnych), a dla członków Waffen-SS – Wydział R (Reich) Archiwum Federalnego.