W czasach Niemieckiej Republiki Demokratycznej Peenemünde było terenem zamkniętym, na którym stacjonowała Narodowa Armia Ludowa (Nationale Volksarmee). Bezpośrednio po otwarciu terenu w roku 1991 byli oficerowie i żołnierze założyli w zamkniętej fabryce Historyczno-Techniczne Centrum Informacyjne.
Podczas gdy pierwsza wystawa stała ograniczała się do wartowni, która obecnie znajduje się na wejściu do terenu muzeum, od roku 2000 w dobudówce do rozdzielni podziwiać można znacznie większe wystawy stałe. Po gruntownej renowacji w 2012 r. udostępnione dla zwiedzających zostały też same urządzenia fabryczne.
Do końca roku 2009 muzeum finansowane było przez gminę Peenemünde. Od roku 2010 działa jako spółka z o.o. (przedsiębiorstwo użyteczności publicznej), której udziałowcem jest w 51 procentach kraj związkowy Meklemburgia-Pomorze Przednie, a pozostałe 49 procent należy do gminy.
