Das Museum bewahrt, erforscht und vermittelt die Geschichte der Versuchsanstalten Peenemünde und des Rüstungsprogramms, als dessen Teil dieses militärische Großforschungszentrum aufgebaut und betrieben wurde. Diese Geschichte ist nirgendwo anders besser verständlich, weil sie am historischen Ort noch konkret baulich vorhanden ist.
Am Beispiel Peenemünde lassen sich auch weiterführend gesellschaftliche und kulturelle Strukturen verdeutlichen, die den Nationalsozialismus als Ganzen erklären, die aber auch über ihn hinauswirkten und für alle modernen Gesellschaften gelten. Deshalb diskutiert das Museum, mit welchen Mitteln das Deutsche Reich seinen Eroberungs- und Vernichtungskrieg führte, welche internationale Dynamik die Rüstung im 20. Jahrhundert hatte, welche Bedeutung technischer Fortschritt in modernen Gesellschaften hat, wie ein Naturraum durch industrielle Nutzung überformt und wie schnell diese wiederum von der Natur überwuchert wird.
