Neben der Marine wurde auch ein Jagdfliegergeschwader aufgebaut. Ausdruck der militärischen Bedeutung waren auch viele hochrangige Besuche während des Kalten Krieges durch Politiker wie Erich Honecker.
Peenemünde blieb auch nach dem Zweiten Weltkrieg und dem Abzug der Rüstungsforschung ein militärischer Ort. Seit die Erste Flottille der Nationalen Volksarmee (NVA) ab Dezember 1956 dort stationiert war, entwickelte sich Peenemünde zu einer militärischen Hochburg Ostdeutschlands.
Wie brisant die Militärgeschichte des Kalten Krieges war, belegte eine Begegnung zweier deutscher Kampfjets am 28. März 1977 über der Ostsee. Zwei Piloten des Jagdfliegergeschwaders 9 trafen bei einem Übungsmanöver in einem Kampfflugzeug Typ MiG-21 unerwartet einen bundesrepublikanischen Piloten in einer F-4 Phantom. Nach einigen drohenden Flugmanövern trennten sich die drei Piloten wieder, ohne ihre Waffen zu nutzen, weil von keiner Seite der ausdrückliche Befehl zum Abschuss gekommen sei.
Ebenso berichteten Marinesoldaten von Schiffsbegegnungen, bei denen die gegnerischen deutschen Schiffe so nah schienen, dass man sie fast greifen oder an Deck springen hätte können. Diese militärischen Konfrontationen, aber auch das Militär als Arbeitgeber und der militärische Habitus prägten das Leben und Denken der Einwohner in Peenemünde und der Region.