1876 wurde in Peenemünde durch den Baumeister Friedrich Kräger eine Friedhofskapelle errichtet. Mit dem Aufbau der Versuchsanstalten ab 1936 wurde das Dorf Peenemünde, das sich fortan auf militärischem Sperrgebiet befand, zwangsevakuiert und ein Großteil der Gebäude abgerissen.
Die Kapelle wurde dem Verfall preisgegeben und schließlich 1943 bei einem Bombenangriff der Royal Air Force nahezu vollständig zerstört. Anlässlich des 50. Jahrestages des ersten Bombenangriffes auf Peenemünde beschloss die Kirchengemeinde Krummin-Karlshagen 1993 den Wiederaufbau der Kapelle als Gedenkstätte für die Opfer der NS-Zeit. Diese war jedoch so stark beschädigt, dass ein kompletter Neubau nach historischem Vorbild vorgenommen werden musste. Dabei wurde der Innenraum umgestaltet, um der neuen Bedeutung der Kapelle als „Friedenswerkstatt inmitten einer einstigen Waffenschmiede“ gerecht zu werden. Zu diesem Zweck wurde auch die Glocke auf dem Kirchenvorhof gestiftet, welche die Aufschrift „Selig sind die Friedfertigen“ trägt.
Im April 1968 wurde nach Hinweisen aus der Bevölkerung nahe der Friedhofsmauer der Kapelle ein Massengrab mit den sterblichen Überresten von 56 Menschen gefunden. Bei den Toten handelte es sich um einstige Zwangsarbeiter, die zum Ausbau der Versuchsanstalten herangezogen wurden. Weil ein Schädel ein Einschussloch aufwies, kann zumindest für einige der Toten eine Exekution als Todesursache angenommen werden. Wegen des Einsatzes von KZ-Häftlingen in Peenemünde prangerten die DDR-Medien in einer Stasi-gesteuerten Kampagne auch den damaligen Bundespräsidenten Heinrich Lübke an, der während des Zweiten Weltkrieges Bauleiter in der Heeresversuchsanstalt Peenemünde gewesen war.
